Spremljanje neželenih učinkov po cepljenju v Sloveniji podpira Register neželenih učinkov (stranskih pojavov) pridruženih cepljenju, ki ga v skladu z Zakonom o zbirkah podatkov s področja zdravstvenega varstva (Ur. l. RS, št. 65/2000, 47/2015) upravlja NIJZ. V Register neželenih učinkov po cepljenju so podatke dolžni posredovati vsi javno zdravstveni zavodi (JZZ) ter druge pravne in fizične osebe v zdravstveni dejavnosti, ne glede na koncesijo. Po Pravilniku o potrdilih, vodenju evidenc in zagotavljanju podatkov o cepljenju, neželenih učinkih po cepljenju in zdravstvenih napakah pri cepljenju (Ur. l. RS, št. 12/2017) je vsak zdravnik, ki opravlja cepljenje dolžan NIJZ zagotavljati podatke o neželenih učinkih po cepljenju.
Zdravniki posredujejo prijave neželenih učinkov po cepljenju na NIJZ preko posebnega modula eRCO (Elektronski register cepljenih oseb in neželenih učinkov po cepljenju), več o tem si lahko preberete na naslednji povezavi. Modul omogoča prijavo neželenih učinkov po cepljenjih, katerih podatki so že bili posredovani v eRCO.
V primeru, da zdravnik želi prijaviti neželene učinke po cepljenju, ki ni zabeležen v eRCO (npr.: oseba je bila cepljena v tujini), se prijavo neželenih učinkov posreduje na papirnatem obrazcu na NIJZ, kot do sedaj.
Na podlagi prijav neželenih učinkov po cepljenju, ki jih v Register posredujejo zdravniki, na NIJZ pripravimo letna poročila, ki so dostopna na naslednji povezavi.
Zakon o zdravilih predvideva, da poročilo o domnevnem neželenem učinku zdravila lahko pošlje tudi bolnik (starši, skrbnik) sam, vendar JAZMP, da se o njem najprej pogovori s svojim zdravnikom, farmacevtom ali drugim zdravstvenim delavcem. Zdravnik bo lahko tudi ocenil ali je morda zaradi neželenega učinka potrebno karkoli ukrepati glede zdravljena. Bolniki pošiljajo poročila o domnevnih neželenih učinkih JAZMP v skladu z navodili, ki so objavljena na naslednji povezavi.
V skladu s Pravilnikom o potrdilih, vodenju evidenc in zagotavljanju podatkov o cepljenju, neželenih učinkih po cepljenju in zdravstvenih napakah pri cepljenju si NIJZ in JAZMP za zdravila in medicinske pripomočke izmenjujeta zbrane podatke o neželenih učinkih po cepljenju in druge pomembne podatke, ki se nanašajo na varnost, učinkovitost in uporabo cepiv. JAZMP posreduje poročila o neželenih učinkih po cepljenju v podatkovno bazo neželenih učinkov zdravil Evropske unije -EudraVigilance (na naslednji povezavi), poročila o resnih neželenih učinkih pa tudi v podatkovno bazo Svetovne zdravstvene organizacije.