Epidemiologija, diagnostika, zdravljenje in preprečevanje covida-19 (V3-2034)

Naslov projekta: Epidemiologija, diagnostika, zdravljenje in preprečevanje COVID-19 (V3-2034)

Povezava na projektno skupino SICRIS: https://cris.cobiss.net/ecris/si/sl/project/18433

Opis projekta

Načini spremljanja nalezljivih bolezni vključujejo epidemiološko spremljanje posameznih primerov in kazalnikov, epidemiološko spremljanje dogodkov, povezanih z nalezljivimi boleznimi, in epidemiološko preiskavo. Glavna omejitev epidemiološkega anketiranja je zanesljivost podatkov, ki jih pridobimo od okuženih oseb. Zato bomo v raziskavi poleg analize epidemioloških podatkov proučili popolne virusne genome pozitivnih oseb. Dobili bomo objektivne informacije o izvoru virusa, načinu in poti njegovega širjenja, kar omogoča odkrivanje povezav med na videz ločenimi primeri in primeri z nejasnim izvorom okužbe.

Cilj projekta je primerjava molekularnih in epidemioloških podatkov pozitivnih primerov in prepoznava primerov z nejasnim epidemiološkim izvorom. Za okužbo s SARS-CoV-2 je nujno potrebna zanesljiva mikrobiološka diagnostika, ki temelji na molekularnem dokazovanju virusne RNA in na ugotavljanju specifičnih protiteles

Cilj projekta je strokovno ovrednotiti razpoložljive metode tako za neposredno kot tudi posredno dokazovanje virusa SARS-CoV-2 na vzorcih bolnikov, kjer poznamo epidemiološke in klinične podatke, kar bo dovoljevalo izbor tistih metod, ki zagotavljajo zanesljive rezultate v najkrajšem možnem času za veliko število vzorcev. V diagnostiko okužb s SARS-CoV-2 nameravamo vpeljati tudi kombiniran pristop, kjer bomo ugotavljali natančno dinamiko virusnega bremena v različnih kliničnih vzorcih bolnikov ter proučevali razvoj in trajanje specifičnih in nevtralizacijskih protiteles.

Cilj te naloge projekta je usmerjen v pridobitev podatkov, ki bodo imeli neposreden vpliv na obravnavo bolnikov, dokazovanje njihove okužbe, izbiro pravilnih kužnin za dokazovanje virusne okužbe in preprečevanje širjenja okužbe. S tem bomo pridobili strokovno podlago pri odločanju o dolžini karantene in ponovnem vračanju bolnikov v socialno življenje.

Aktivnosti pri projektu so razdeljene v več delovnih sklopov, Nacionalni inštitut za javno zdravje (NIJZ) v večji meri sodeluje pri sklopu glede opredelitve epidemioloških značilnosti covida-19, pri katerem bomo povezali rezultate sekveniranja celotnih genomov virusa SARS-CoV-2, izoliranih pri osebah s SARS-CoV-2, z epidemiološkimi podatki, pridobljenimi  z opravljenimi epidemiološkimi anketami s temi osebami. Ugotoviti želimo smer in čas vnosa virusa v državo, opredeliti virusne seve in gruče v slovenski populaciji, ugotoviti obstoj morebitnih epidemioloških povezav med do sedaj nepovezanimi primeri ter opredeliti dodano vrednost sekvenciranja pri preprečevanju širjenja okužbe s SARS-CoV-2.

Dodana vrednost

Rezultati raziskave bodo bistveno pripomogli k izboljšanju razumevanja o načinu prenosa, širjenja in patogenosti virusa SARS-CoV-2 s tem pa tudi o obvladovanju same epidemije.

Rezultati ciljnega raziskovalnega projekta bodo imeli neposreden vpliv na način in metode. diagnostike, preprečevanja in zdravljenja okužb z novim koronavirusom, za katere ob
sedanjih znanstvenih spoznanjih še ni zadostnih in kvalitetnih podatkov. Ob izjemno hitrem
razvoju različnih metod bo naše multidisciplinarno delo izvirni doprinos svetovni in slovenski
znanosti.

Rezultati evaluacije različnih molekularnih in seroloških testov, s čimer bomo ovrednotili njihove prednosti in omejitve za uporabo v klinični diagnostiki, bodo omogočali
drugim laboratorijem uporabo optimalnih strategij testiranja. S tem bomo neposredno vplivali na kvalitetnejšo diagnostiko v državi. Sodelujoči raziskovalci so že v preteklosti s svojim znanstvenim in strokovnim delom na istem področju na drugih virusnih  povzročiteljih spreminjali doktrino in izvajanje diagnostike virusnih okužb diha.

Pričakovani rezultati in gradiva

Z načrtovano raziskavo bomo pridobili podatke, ki bodo imeli neposreden vpliv na obravnavo bolnikov. Glavni poudarek raziskave bo na odkrivanju in dokazovanju okužbe s SARS CoV-2, s tem bomo povečali razumevanje načina vnosa v državo in s tem spremljanje njegovega širjenja, kar je ključnega pomena za obvladovanje okužb in s tem omejevanje negativnih učinkov epidemije na gospodarsko družbo.

Z določitvijo celotnih genomov virusa SARS-CoV-2 pridobljenih iz slovenskih bolnikov s covidom-19 želimo ugotoviti smer in čas vnosa virusa v  državo, opredeliti virusne seve in gruče v slovenski populaciji ter ugotoviti obstoj morebitnih epidemioloških povezav med do sedaj nepovezanimi primeri.

Hitrost diagnostike akutnih, kužnih bolnikov je izjemnega pomena za epidemiološko obravnavo in preprečevanju širjenja okužbe s covidom-19. To bomo zagotovili z evaluacijo različnih molekularnih in seroloških testov. S tem bomo ovrednotili njihove prednosti in omejitve za uporabo v klinični diagnostiki ter s tem omogočali drugim laboratorijem uporabo optimalnih strategij testiranja. S tem bomo neposredno vplivali na kvalitetnejšo diagnostiko v državi.

S kombiniranim pristopom različnih mikrobioloških metod bomo vzpostavili triažo procesiranja vzorcev, s čimer bomo skrajšal čas do izvida in izboljšali zdravstveno obravnavo bolnikov. Z evaluacijo hitrih testov, ki bi jih eventualno lahko uporabljali izven laboratorijev, bi prispevali k hitrejšemu preprečevanju in obvladovanju širjenja virusa.

Določili bomo koliko časa lahko dokažemo virusno RNA v različnih kužninah in/oziroma kako dolgo so bolniki kužni v povezavi z določitvijo protitelesnega odziva in viabilnostjo virusa. S tem bomo pridobili strokovno podlago pri odločanju o varni dolžini karantene in ponovnem vračanju bolnikov v socialno življenje.

Za učinkovito preprečevanje bolnišničnih okužb bomo z vzorčenjem potencialno kontaminiranih površin v bolnišničnih prostorih določili potencialno kritične točke in s tem izboljšali samo kakovost obvladovanja, širjenja in prenosa virusa SARS-CoV-2 s površin na ljudi.

Trajanje projekta: 1. 10. 2020–30. 9. 2023

Nosilna organizacija: Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani (UL MF)

Projektna partnerja: Nacionalni inštitut za javno zdravje (NIJZ) in Univerzitetni klinični center Ljubljana (UKC)

Financiranje: Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije (ARIS) in Ministrstvo za zdravje Republike Slovenije (MZ)